Im Laufe des Lebens ist das Korallenriffs in seinem natürlichen Umfeld vielen Gefahren und Streß ausgesetzt. Diese Ökologischen Störungen unterteilt man in biotische und abiotische Störungen.
Zu den biotischen Störungen zählen solche, die von der Flora und Fauna herrühren: hoher Druck durch Wettbewerb und Verfolgung, Abweidung durch andere Tiere, Bioerosion durch riffabbauende Einflussfaktoren, Artenexplosion von Algen, Zooplankton, Fischen, Schnecken, Seesternen und anderen Tieren.
Zu den abiotischen Störfaktoren zählen alle physikalischen Störungen durch die Natur, wie etwa Strömungen, Stürme, Springfluten, Tsunamis, Wellenfronten, Erdbeben, extreme Temperatursprünge des Oberflächenwassers, extreme Süßwassereinträge, ausgeprägte Trockenperioden oder Niedrigwasserstände.
Aber auch der Mensch und die durch ihn verursachenten Störungen wie etwa Abwasserverschmutzung, Bau- und Landgewinnungsmaßnahmen, moderne kommerzielle Fangtechniken, gewerbliches Einsammeln von Muscheln und anderen marinen Organismen, die Schleppnetzfischerei, der Tourismus und die damit verbundenen Freizeitaktivitäten,...
Treten diese Störungen häufiger auf, so verringert das Riff seine Artenvielfalt, weil für den Riffbewohner nicht genügend Zeit bleibt, sich bis zur nächsten Störung hinreichend anzupassen und zu etablieren.
Bei selten auftretenden Störungen stellt sich das selbe Ergebnis ein. Dann kann es zum Beispiel sein, dass vorherrschende Wettbewerber nicht ausgeschalten werden. Es kommt zu keiner Änderung oder Neustrukturierung der Verhältnisse am Riff.
Große Artenvielfalt ist das Ergebnis von mittleren und gemäßigten Störungen (hinsichtlich der Häufigkeit und der Stärke der auftretenden Störungen). Die Zeit zwischen auftretenden Störungen ist lang genug, um neuen Riffbewohnern das Zuwandern und eine Anpassung zu ermöglichen. Aber nicht lang genug dafür, dass Wettbewerber eine dominierende Stellung erobern können. Dieser Sachverhalt wurde von dem Ökologen Joe Connell als die Hypothese von den begrenzten Störeinflüssen (intermediate disturbance hypothesis) bezeichnet.